作ったものを荒らしから守ったり、他人に入って欲しくないという場合は保護をかけます。
現在実装されている保護は「領域保護」と「ブロック保護」の二種類なので
それぞれの性質を理解して、ちゃんとした保護をかけましょう。

領域保護には木の斧を使用します。
保護領域は直方体で範囲を指定します。保護するモノが丸くても同じです。
斜めに長いモノを保護する場合は無駄に保護領域を確保する事になります。
まず最初に、一番左下を斧で 左クリック します。
成功すると「First position set to (xxx, yyy, zzz)」と出ます
家などを保護する場合は、地面を数ブロック掘り下げた場所を指定する事になると思います。
次に、一番右上を斧で 右クリック します。
成功すると「Second position set to (xxx, yyy, zzz)」 と出ます
家などを保護する場合は、家の外にブロックを積み上げて家の上空で指定する事になると思います。
チャット画面を開き、/region claim xxx で領域保護コマンドを入力します。
成功すると「Region save as xxx」と表示されます
領域保護をすると、その中は自分しかブロックの設置・破壊ができなくなります。
狭く取り過ぎると他の人の家が真横に建ったりする可能性がありますが
広く取り過ぎると他の人が近くにモノ（例えば道）を作れなくて不便になります。
将来拡張する予定がある場合はそこを含んで保護した方が良いかもしれませんが
そうでないなら、必要分だけ保護するようにしましょう。
保護が狭くて隣家が近すぎる場所に建ったような場合はecolightさんに相談してみましょう。